مجلس الأمناء هو أعلى هيئة حاكمة في الجامعة اللبنانية الفرنسية. ويُعنى بوضع رؤية الجامعة وضمان التطبيق الاستراتيجي للإجراءات والأنظمة على المستويات الإدارية والمالية وفق الأنظمة الداخلية المعتمدة من وزارة التربية والتعليم العالي.
تُفوَّض الصلاحيات التنفيذية اليومية من مجلس الأمناء إلى رئيس الجامعة الذي يترأس الفريق القيادي.